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En este castillo nació y vivió San Francisco Javier, co-fundador de la Compañía de Jesús. Su construcción se remonta al siglo X, pero a lo largo de los años, hasta el siglo XV tuvo varias reformas. Es un buen ejemplo de una fortaleza medieval y uno de los lugares más visitados de Navarra. Cada año, en el mes de marzo cuando se celebran las Javieradas tiene la tradición de hospedar a los peregrinos que van cada año a la localidad de Javier.
Está catalogado como Bien de Interés Cultural y Patrimonio Histórico de España. El nombre de Javier proviene del vascuence etxeberri (‘casa nueva’), que en su evolución se transformó en javier. La grafía original es Xavier, mientras que en vasco se escribe Xabier.
Consta de tres cuerpos, sucesivamente escalonados en orden de antigüedad. Destacan la «Torre del Santo Cristo», bastión y capilla donde se encuentra un interesante crucifijo tardogótico y una serie de pinturas murales representando la danza de la muerte, única en España; la «Torre del Homenaje», llamada de San Miguel (lo más antiguo del castillo) y el museo dedicado a la vida del santo. En sus basamentos hay huellas y zócalos musulmanes que podrían ser del siglo X. En el XI se formó el primer recinto envolvente que cobijó las primeras habitaciones. En el siglo XIII se agregaron, por las cuatro orientaciones, dos cuerpos poligonales y dos torres flanqueantes.
El castillo y la villa de Javier fueron ganados por Sancho VII de Navarra en torno al año 1223. Un noble aragonés los había dado como garantía por un préstamo de 9.000 sueldos que le concedió el monarca navarro, pero al acabar el plazo y no poder hacer frente al pago, pasaron a la propiedad de Sancho. No era la primera vez, ni sería la última, pues Sancho VII fue uno de los grandes prestamistas de la Corona de Aragón, y gracias a los préstamos no devueltos, se adueñó de una serie de villas y castillos entregados como aval que le ayudaron a reforzar sus fronteras con Aragón: Escó, Peña, Petilla, Gallur, Trasmoz, Sádaba, etc.
A principios del siglo XX, la duquesa de Villahermosa donó el castillo y la basílica a la Compañía de Jesús con la condición de que lo mantuviera tal y como se le entregó. En la cripta de la basílica descansan los restos de quienes contribuyeron a la reconstrucción del castillo y erección de la basílica: la duquesa de Villahermosa, su marido José Manuel de Goyeneche (conde de Guaqui) y los hermanos María Josefa (duquesa de Goyeneche), Carmen (duquesa de Gamio) y José Sebastián de Goyeneche y Gamio (fundador de la Fundación Goyeneche).
San Francisco Javier nació en el castillo propiedad de sus padres, María de Azpilicueta y Juan de Jaso el 7 de abril de 1506. Su padre era Doctor en Derecho y Presidente del Real Consejo. Su madre pertenecía a la nobleza local. Sus hermanos mayores eran Magdalena, Ana, Miguel y Juan. El castillo fue su hogar durante 19 años. De allí marcha a estudiar a la Universidad de la Sorbona en París, donde se reencuentra con Ignacio de Loyola. Con éste y otros amigos deciden fundar la Compañía de Jesús.
Con el patrocinio del rey de Portugal se embarca con la tarea de evangelizar las Indias Orientales. Durante estos años realizará su labor misionera en la India, las Molucas, las Malacas, Mozambique… hasta llegar al Japón. Justo en el momento de cumplir su máxima aspiración, entrar a China para proseguir su misión evangelizadora, muere en las costas de la isla de Sancián el 3 de diciembre de 1552. Francisco de Javier fue canonizado el 12 de marzo de 1622.
Hoy en día, entre otras cosas es patrón de Navarra, de varios países como Canadá y Australia, de los deportistas navarros en general y de los pelotaris del mundo en particular, patrón de la Juventud Navarra, de las Misiones, del turismo en España. Anualmente, en la primera quincena de marzo y coincidiendo con la Novena de la Gracia, Javier se convierte en la meta de peregrinación penitencial de toda Navarra. La media de visitantes es de 30.000 personas cada fin de semana.
